Pater Jan van Kilsdonk was tegenstander van het verplichte priestercelibaat en kwam op voor de rechten van vrouwen en homoseksuelen in de Rooms-Katholieke Kerk. Zo omschreef hij homoseksualiteit als 'een vondst van de Schepper'. Hij heeft vele aidspatiënten in hun laatste levensjaren bijgestaan.

In de jaren zestig eiste het Vaticaan zijn ontslag als studentenpastor nadat hij in een rede de 'geestelijke terreur' van de leiding van de RK-Kerk had gehekeld. Na overleg met de toenmalige bisschop van Haarlem, Jan van Dodewaard, werd die eis teruggenomen.

De laatste jaren was Van Kilsdonk elke zondagochtend te vinden in de Dominicuskerk in het centrum van Amsterdam. Hij had daar een vaste plaats, die de kerkgangers zorgvuldig voor hem vrijlieten.